علت تناقضاتی مثل باکره بودن یا نبودن حضرت مریم، پدر داشتن حضرت عیسی یا .... این است که انجیل عیسی از بین رفت و مسیحیان مطالبی را از قلم خود نگاشتند. همین امر باعث اختلافات رد مسیحیت شد. همچنین حضور افرادی مثل پولس یهودی باعث شد که مضامین غیرتوحیدی در دین مسیحیت راه یابد.
جایی سخن از تناقض نباید مطرح شود که مطالبش خدایی باشد و غیر الهی بودن، علت همه تناقضات است؛ ولی مسیحیت به جای پذیرش آن، هماره با توجیه می پردازند و هر یک را به گونه ای تاویل می برند.